洁净室系统工程的原理有以下几种

 洁净室系统工程为了保证产品的合格率或高精尖行业条件下生产,例如药厂,手术室,医疗器械,食品,饮品等,有明确的生产条件要求,依据GMP必须安装洁净室。

一、乱流式：空气由空调箱经风管与洁净室内之空气过滤器(HEPA) 进入洁净室,并由洁净室两侧隔间墙板或高架地板回风。气流非直线型运动而呈不规则之乱流或涡流状态,此型式适用于洁净室等级1,000-100,000级。
优点：构造简单,系统建造成本低,洁净室的扩充比较容易,在某些特殊用途场所,可并用无尘工作台,提高洁净室等级。
缺点：乱流造成的微尘粒子于室内空间飘浮不易排出,易污染制程产品,另外若系统停止运转再激活,欲达需求之洁净度,往往须耗时相当长一段时间。
二、单向流：单向流洁净室一般有两种类型,即水平流和垂直流,在水平流系统中,气流是从一面墙流向另一面墙。在垂直流系统中,气流是从吊顶流向地面。对要求洁净室的悬浮粒子浓度或微生物浓度更低的场合,就使用单向气流。以前称这类洁净室为“层流”洁净室。单向流和层流的名称均说明了其气流的状况：气流以一个方向流动（或是垂直的或是水平的）,并以一般是0.3米/秒至0.5米/秒（60英尺/分钟至100英尺/分钟）的均速流过整个空间.由满布洁净室吊顶的高效过滤器向室内送风。
       气流有如一个空气活塞,向下流经室内,带走污染物,然后从地面排出。又在与外部的一些新鲜空气混合后,再循环至高效过滤器。人员和工艺所产生的悬浮污染可立即被这种空气清除掉,而紊流通风系统采用的是混合与稀释原理。在一间没有任何障碍物的空房间,单向流用比前面提到的低得多的风速,就可以很快将污染物清除。但在一个操作间,机器以及机器周围走动的人员,会对气流形成障碍。障碍物可以使单向流变成紊流,从而在障碍物周围形成气流团,人员的活动也可以使单向流变成紊流,在这些紊流中,由于风速较低,空气稀释程度较小,从而使得污染浓度较高。
       因此,必须将风速保持在0.3米/秒至0.5米/秒（60英尺/分钟至100英尺/分钟）的范围里,以便使中断的单向流能快速恢复,充分稀释障碍物周围紊流区的污染。用风速可以正确地表示出单向流,因为风速越高室内就越洁净。而每小时换气次数与房间的体积有关,如吊顶的高低,因此不适合用来表示单向流,单向流室内的送风量是紊流室的很多倍（10到100倍）。

三、层流式：层流式空气气流运动成一均匀之直线型,空气由覆盖率100%之过滤器进入室内,并由高架地板或两侧隔墙板回风,此型式适用于洁净室等级需定较高的环境使用,一般其洁净室等级为Class1——100。其型式可分为二种：

       (1)水平层流式：水平式空气自过滤器单方向吹出,由对边墙壁之回风系统回风,尘埃随风向排出室外,一般在下流侧污染较严重。
优点：构造简单,运转后短时间内即可变成稳定。
缺点：建造费用比乱流式高,室内空间不易扩充。
       (2)垂直层流式：房间天花板完全以ULPA过滤器覆盖,空气由上往下吹,可得较高之洁净度,在制程中或工作人员所产生的尘埃可快速排出室外而不会影响其它工作区域。
优点：管理容易,运转开始短时间内即可达稳定状态,不易为作业状态或作业人员所影响。
缺点：构造费用较高,弹性运用空间困难,天花板之吊架相当占空间,维修更换过滤器较麻烦。
四、复合式：复合式为将乱流式及层流式予以复合或并用,可提供局部超洁净之空气。
       (1)洁净隧道：以HEPA或ULPA过滤器将制程区域或工作区域100%覆盖使洁净度等级提高至10级以上,可节省安装运转费用。此型式需将作业人员之工作区与产品和机器维修予以隔离,以避免机器维修时影响工作及品质。ULSI制程大都采用此种型式。
洁净隧道另有二项优点：A.弹性扩充容易； B.维修设备时可在维修区轻易执行。
       (2)洁净管道：将产品流程经过的自动生产线包围并净化处理,将洁净度等级提至100级以上。因产品和作业员及发尘环境相互隔离,少量之送风即可得到良好之洁净度,可节省能源,不需人工的自动化生产线为最适宜使用。药品,食品业界及半导体业界均适用。
       (3)并装局部洁净室：将洁净室等级10,000——100,000之乱流洁净室内之产品制程区的洁净度等级提高为10——1000级以上,以为生产之用,洁净工作台,洁净工作棚,洁净风柜即属此类。
五、洁净工作棚：为在乱流式之 洁净室空间内以防静电之透明塑料布围成一小空间,采用独立之HEPA或ULPA及空调送风机组而成为一较高级之洁净空间,其等级为10——1000级,高度在2.5米左右,覆盖面积约10m2以下,四支支柱并加装活动轮,可为弹性运用。